TACC 集群使用笔记

April 10, 2024

2024   ·   TACC,   集群     ·   techniques  

1注册账号

现在网页上注册账号，之后需要联系导师或者管理员把你添加到对应的集群里去，例如我加入的是 Lonestar6 集群。

之后需要跟着这个教程绑定 MFA 软件（可以是 DUO 或者 1password）

MFA 绑定

之后登录账号,系统会要求先后输入你的账户密码和 MFA 的 6 位数 token

local@username$ ssh username@ls6.tacc.utexas.edu
(username@ls6.tacc.utexas.edu) Password:
(username@ls6.tacc.utexas.edu) TACC Token Code:

login1.ls6(22)$ cd $SCRATCH/
login1.ls6(23)$

密码都正确之后你会进入到 login 节点，在这里千万不能随意执行大规模的计算任务，因为很有可能会被封号。你需要使用 compute 节点执行计算任务。

Login 和 Compute 节点

成功登入后，默认进入 login 节点下的 /home目录，一般而言我们需要进入 /scratch 目录。大多数TACC HPC资源上挂载了三个文件系统：$HOME、$WORK、和$SCRATCH，以下是它们的区别、使用场景和注意事项的总结：

文件系统 区别与特点 使用场景 注意事项
$HOME 用于用户的个人文件和设置。 存储cron作业、小脚本、环境设置。 避免在$HOME中运行作业，用于常规文件管理而不是并行作业。
$WORK 用于存储软件安装、原始数据集等。 存储软件安装、原始数据集、作业脚本和模板。 注意文件系统配额，接近配额可能导致文件系统压力。
$SCRATCH 临时存储、I/O文件、作业文件等。 运行I/O密集型作业，存储临时数据集。 避免在$SCRATCH中存储长期数据，文件可能在十天未访问后被清理。不要在$SCRATCH运行长期作业，用于短暂的、I/O密集型的作业。

总体而言，$HOME 适用于个人文件和设置，$WORK适用于存储软件和重要数据，而$SCRATCH适用于短暂的、I/O密集型的作业。

从实操性的角度说，进入computing node 后，默认先进入的是HOME目录，在这里你可以先设置好 conda 环境。接着，假如你要运行一个 pytorch 代码，你需要cd $SCRATCH 才能使用 GPU，这个目录下运行代码保存的日志是临时的，你需要将重要文件备份到 $WORK 目录下。

2. 交互式开发环境 idev

idev 是一个用于在TACC（Texas Advanced Computing Center）集群上创建交互式计算环境的命令行工具，可以在计算节点上创建一个交互式会话，可以在其中执行串行、OpenMP并行或MPI并行的代码，就像在批处理作业中一样。。以下是关于 idev 的一些主要用法和选项的介绍：

2.1 idev 参数选项：

  • -A account_name：设置账户名称（默认为 -A use_default）。
  • -m minutes：设置计算时间（默认为 30 分钟）。
  • -n total_tasks：设置总任务数。
  • -N nodes：设置节点数量。
  • -tpn tpn：设置每节点任务数。
  • -p queue_name：设置队列名称（默认为 -p development）。
  • -R：查找用户的预约。
  • -r reservation_name：请求使用特定的预约。
  • -r none：禁用预约检查。
  • -E：在作业开始时通知。
  • -e email_address：在作业开始时通过指定的电子邮件地址通知。
  • -t hh:mm:ss：设置计算时间（默认为 30 分钟）。
  • -queues：列出系统的队列。
  • -pselect：显示可选择的 Slurm 队列。
  • -qselect：显示可选择的 Slurm 队列。
  • -- <other SLURM options>：必须在所有 idev 选项之后使用，用于指定其他 Slurm 选项。

2.2 示例

# 默认设置：1 节点，16 任务，30 分钟，使用默认账户
idev

# 显示帮助信息
idev --help

# 设置队列、时间和账户
idev -p development -m 90 -A AB-ccviss

# 设置队列、时间、账户、节点和任务数
idev -p normal -t 00:90:00 -A TG-STA123 -N 2 -n 16

# 显示可选择的 Slurm 队列
idev -pselect

# 设置交互式会话的最长时间为2小时, 1个节点，4 个任务，请求在 development 队列中执行计算任务
idev -t 02:00:00 -N 1 -n 4 -p development

上面最后一个例子使用的是名为development的节点，你也可以先使用sinfo命令查看所有节点，然后手动设置成空闲的节点，例如：

$ sinfo
gpu-a100          up   infinite      1 drain* c317-003
gpu-a100          up   infinite     67  alloc c302-[001-004],c303-[001-004],c305-[001-002,004],c306-[002-004],c308-[001-004],c309-[001-004],c310-[001-004],c315-[001,003-016],c316-[001-002,007-016],c317-[001-002,004-008,010-016]
gpu-a100          up   infinite      5   idle c304-001,c305-003,c306-001,c316-003,c317-009
gpu-a100-dev      up   infinite      2  alloc c301-[001,004]
$ idev -t 02:00:00 -N 1 -n 4 -p gpu-a100-dev

上面命令会自动申请一个空闲的gpu-a100-dev节点。